ĐỊNH DANH CÁC LOÀI NẤM KÍ SINH VÀ GÂY BỆNH TRÊN BỆNH NHÂN NỮ NHẬP VIỆN Ở HẢI DƯƠNG BẰNG PHƯƠNG PHÁP SO SÁNH CHUỖI GEN VÀ PHÂN TÍCH PHẢ HỆ - Huy, Nguyễn Xuân; Thanh, Trần Văn; Hòa, Lê Thanh (Vietnam Journal of Biotechnology, 2017)
Sử dụng phương pháp “mã vạch” DNA (DNA-barcoding), 36 chuỗi nucleotide vùng giao gen ITS (internal transcribed spacer) từ 43 mẫu bệnh phẩm nuôi cấy nấm đơn bào của bệnh nhân nữ nhập viện ở Hải Dương đã được thu nhận và phân tích so sánh với các chủng tham chiếu quốc tế. Chuỗi ITS có độ dài khác nhau tùy từng loài (0,5 – 1,2 kb) thu thập bằng phản ứng PCR và giải trình tự (cặp mồi ITS1F/ITS4R), được sử dụng để truy cập Ngân hàng gen và xác định loài dựa trên so sánh chuỗi và phân tích phả hệ với các loài tương ứng. Kết quả cho thấy, trong số 36 mẫu thực hiện thành công giám định loài, có 29 mẫu được xác định thuộc chi Candida, trong đó 13 mẫu là loài Candida albicans, 2 mẫu là C. tropicalis, 3 mẫu là C. metapsilosis, 8 mẫu là C. glabrata, 2 mẫu là C. etchellsii và một mẫu chỉ được định danh là Candida sp. Ngoài ra, 7 mẫu còn lại gồm 2 mẫu thuộc loài Pichia kudriavzevii và Pichia norvegensis; và một số loài ít gặp khác: i) Kodamaea ohmeri; ii) Fereydounia khargensis; iii) Debaryomyces sp. (có thể là loài Debaryomyces subglobosus); iv) Hanseniaspora sp. (có thể là loài Hanseniaspora opuntiae); và v) Penicillium citrinum, với mức độ đồng nhất rất cao (99-100%). Cây phả hệ chủng/loài Candida của Việt Nam và thế giới, chia làm 7 nhóm riêng biệt, bao gồm: nhóm C. albicans, nhóm C. tropicalis, nhóm C. parapsilosis, nhóm C. metapsilosis, nhóm Candida spp., nhóm C. glabrata và nhóm C. etchellsii. Phả hệ của Pichia spp. cũng cho thấy P. kudriavzevii và P. norvegensis của Việt Nam tập hợp cùng với loài tham chiếu tương ứng. Trên một địa bàn hẹp như tỉnh Hải Dương, kết quả định danh trên bệnh nhân nhập viện đã có đến 6 loài Candida khác nhau và 7 loài đặc biệt khác cho thấy tình hình nhiễm nấm Candida và nấm đơn bào là khá phức tạp và lẫn tạp. C. albicans vẫn là một loài nấm gây bệnh nguy hiểm đang tồn tại, lan tỏa và gây bệnh phổ biến trong cộng đồng phụ nữ ở địa bàn Hải Dương nói riêng và Việt Nam nói chung.