XÂY DỰNG PROBE ĐỂ KHAI THÁC VÀ CHỌN GEN MÃ HÓA XYLAN 1-4 BETA XYLOSIDASE TỪ DỮ LIỆU GIẢI TRÌNH TỰ DNA METAGENOME - Giang, Nguyễn Minh; Huyền, Đỗ Thị; Nguyệt, Phùng Thu; Trung, Nguyễn Thị; Hải, Trương Nam (Vietnam Journal of Biotechnology, 2018)
Theo phân loại của CAZy, xylan 1-4 beta xylosidase thuộc họ glycoside hydrolase (GH) 1, 3, 31, 39, 43,51, 52, 54, 116, 120. Trong nghiên cứu này, probe được xây dựng dựa trên các trình tự axit amin của enzyme này từ mỗi họ GH đã được nghiên cứu trong thực nghiệm. Các trình tự thu thập để xây dựng probe đảm bảo cùng có nguồn gốc từ vi khuẩn, có các thông tin chi tiết về hoạt tính enzyme, nhiệt độ và pH hoạt động tối ưu. Kết quả các họ GH1, GH3 chỉ tìm được duy nhất 01 trình tự, GH52 tìm được 3 trình tự và GH43 tìm được 11 trình tự đáp ứng các tiêu chí thu thập. Với kết quả tìm kiếm này, chỉ có duy nhấthọ GH43 có đủ số lượng trình tự đáng tin cậy để xây dựng probe. Probe của họ GH43 có độ dài là 507 amino acid, trong đó chứa toàn bộ 7 amino acid hoàn toàn giống nhau ở các trình tự, 32 vị trí giống nhau ở đa số các trình tự và có 30 vị trí giống nhau ở một số trình tự, với độ bao phủ thấp nhất là 60% và độ tương đồng thấp nhất là 30%, điểm tối đa là 17. Sử dụng probe này đã khai thác được 25 trình tự mã hóa xylan 1-4 beta xylosidase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi sinh vật sống tự do trong ruột mối. So sánh với kết quả chú giải gen dựa trên dữ liệu KEGG của BGI chỉ có 20 trình tự trùng nhau. Kết quả ước đoán cấu trúc bậc ba của các trình tự cho thấy tất cả các trình tự có chỉ số điểm tối đa khi so sánh với probe bằng BLASTP cao trên 100 đều có cấu trúc giống với cấu trúc của xylosidase đã được nghiên cứu. Như vậy, probe này có thể sử dụng để khai thác gen beta - xylosidase từ dữ liệu metagenome khi sử dụng chỉ số điểm tối đa trên 100